Entre os fatores que provavelmente
contribuem para a sub-representação das espécies de fungos no registo fóssil incluem-se
a natureza dos esporocarpos, que são tecidos moles, carnosos, e facilmente
degradáveis, bem como as dimensões microscópicas da maioria das estruturas
fúngicas, as quais não são, muito evidentes. Os fósseis de fungos são difíceis
de distinguir daqueles de outros micróbios.
Os fungos colonizaram a terra
provavelmente durante o Câmbrico (há 542 – 488 milhões de anos), muito antes
das plantas terrestres. Hifas fossilizadas e esporos recuperados do Ordovícico
de Wisconsin (460 milhões de anos) assemelham-se a Glomerales atuais, e existiram
numa altura em que a flora terrestre provavelmente consistia apenas de plantas avasculares
semelhantes às briófitas. Há 400 milhões de anos, os Ascomycota e os Basidiomycota
divergiram, todas as classes de fungos modernos estavam presentes no final do
Carbónico.
Algum tempo após a extinção permotriássica
(há 251 milhões de anos), ocorreu um pico de abundância de fungos
(originalmente entendido como uma abundância extraordinária de esporos de
fungos nos sedimentos), sugerindo que os fungos eram a forma de vida dominante
deste período, representando quase 100% do registo fóssil disponível para o mesmo.
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